Asociacijos veiklos tikslas yra skatinti Baltijos šalių galvos ir kaklo onkologijos vystymąsi pasitelkus medicinos mokslą bei praktiką, koordinuoti Asociacijos narių veiklą, atstovauti Asociacijos narių interesus ir juos ginti bei tenkinti kitus viešuosius interesus.

Asociacijos uždaviniai yra kelti Asociacijos narių profesinę kvalifikaciją, palaikyti mokslinių tyrimų ir medicinos praktikos ryšius, palaikyti bendradarbiavimą su gretutinių specialybių atstovais ir kitų regionų ar užsienio valstybių specialistais, draugijomis, asociacijomis ar sąjungomis, taip pat aktyviai remti galvos ir kaklo onkologijos, kaip medicinos mokslo šakos, pasiekimus, skatinti galvos ir kaklo onkologijos mokslinius tyrimus bei platinti informaciją apie jų reikšmę visuomenei.

Savo tikslams pasiekti Asociacija rengia susirinkimus organizaciniais bei tiksliniais klausimais, organizuoja galvos ir kaklo onkologijos mokslines - praktines konferencijas bei leidžia jų medžiagą, padeda kitoms draugijoms organizuojant mokslines praktines konferencijas, taip pat rengia pasiūlymus Sveikatos apsaugos įstaigoms galvos ir kaklo onkologijos klausimais. Asociacija turi teisę vykdyti bet kokią kitą įstatymų nedraudžiamą ūkinę komercinę veiklą, kuri neprieštarauja jos įstatams bei veiklos tikslams.